- 党委办公室、党委主体责任办公室、校长办公室(信访督办室挂靠)
- 党委组织部、 党校
- 党委宣传部
- 党委统战部、社会主义学院
- 纪委办公室、监督检查处、审查调查处
- 改革发展办公室、高等教育研究所 （法制办公室挂靠）
- 党委学生工作部、学生处（招生办公室、大学生就业与创业指导中心挂靠）
- 党委研究生工作部、研究生院、学位办公室
- 学科建设办公室、高水平大学建设办公室
- 党委教师工作部、人事处（人才工作办公室挂靠）
- 党委保卫部、人民武装部、保卫处
- 机关党委
- 教务处（实验实践教学管理中心挂靠）
- 评估及质量监控中心、教师（教学）发展中心
- 科研处
- 财务处
- 审计处
- 国有资产管理处
- 采购与招标管理办公室
- 国际合作与交流处（商务孔子学院挂靠）、港澳台事务办公室
- 国际教育学院党工委、国际教育学院
- 继续教育管理处、继续教育学院、干部教育培训学院
- 后勤基建处
- 离退休党工委、离退休工作处
- 对外联络处（校友会秘书处、教育发展基金会秘书处、 南京财大科技园管理办公室挂靠）
- 信息化建设管理处
- 桥头校区管理委员会、红山学院
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